继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：休·博纳维尔 尼克·布拉德 切尔茜·克里斯普 保罗·卡斯坦佐 史蒂芬·坤肯 Jimena Larraguivel 亚力克西斯·马沙利克 伯琳达·斯图尔特·威尔逊
热度：114°C
演员：安·唐德 蔡斯·英菲尼迪 露西·哈利迪 李美宝 艾米·西米茨 布拉德·亚历山大 罗温·布兰查德 马泰娅·孔福尔蒂 扎琳·达内尔-马丁 伊娃·富特 伊索尔德·阿迪斯 谢奇纳·姆普姆尔瓦纳 比尔娃·潘迪亚 基拉·古洛安
热度：5°C